R: カラフルなグラフを作りたい

9グループの累積アウトカム発症率を、カラフルなKaplan-Meier曲線で表現したいのですが、どんな9色を使えばいいのでしょうか?そんな時には、色見本パッケージを活用するといいでしょう。今回はRColorBrewerパッケージを利用します。まずは、色見本一覧を表示してみます。

> install.packages("RColorBrewer", dependencies=TRUE)
> library(RColorBrewer)
> display.brewer.all()
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mac: terminalで日本語入力ができない

macのterminalで日本語ができないという問題に直面しました。localeを確認すると、きちんと設定ができていません。

$ locale
LANG=
LC_COLLATE="C"
LC_CTYPE="C"
LC_MESSAGES="C"
LC_MONETARY="C"
LC_NUMERIC="C"
LC_TIME="C"
LC_ALL=

こういう時は、terminalの環境設定を開いて、プロファイルの詳細タブにある「起動時にロケール環境変数を設定」をONにします。

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R: Kaplan-Meier曲線を作成する

今回はRを使って、論文用のきれいなKaplan-Meier曲線を作成するコマンドを紹介します。最終的にはこんなグラフが出来上がります。

quartz("km", height=3.7, width=3.7, pointsize=9, bg="white")
par(mar=c(3, 3.5, 1.5, 0.2))
plot(m1, fun="event", ylim=c(0, YLIM), lty=exlty, col=excol, axes=FALSE)
legend("topleft", rev(exname), lty=rev(exlty), col=rev(excol), bty="n")
XLIM <- 0:floor(max(m1$time) / 365.25)
XLABEL <- ifelse(XLIM%%2==0, XLIM, "")
axis(1, at=XLIM*365.25, labels=XLABEL)
axis(2, las=1)
title(main="  a", line=-1, adj=0, outer=TRUE)
title(xlab="Observational period (year)", line=2)
title(ylab="Cumulative probability of the incidence of outcome", line=2.5)
quartz.save(file="kaplan15.png", type="png")

StataでのKaplan-Meir曲線の作成方法は、「Stata: Kaplan-Meier曲線を作成する」をご覧下さい。

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Stata: 交互作用

一般的な線形回帰モデルには、独立変数間には交互作用がなく、互いに独立して従属変数と関連しているという前提があります。この交互作用とはなんでしょうか?

もう少し具体的に考えてみましょう。一般住民を対象にしたコホート研究において、Cox比例ハザードモデルを用いて、脳卒中のリスク因子を同定したとします。

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CentOS: CAPS LOCKとCTRLを入れ替える

viエディタではCTRLをよく使うので、「A」の隣は「CAPS LOCK」ではなく、「CTRL」でないと困ります。私がmacユーザーである理由の一つは、「A」の隣が「CTRL」だからです。最近、中古のdynabookを購入して、CentOS7をインストールして使っているのですが、やはり「A」の隣が「CAPS LOCK」なので、非常に使いにくいです。

そこで、「A」の隣を「CTRL」に変更するためにコマンドを探していたのですが、ようやく下記を探し出しました!

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