r: マーカーの形にはpch=21-25をおすすめします

Rで散布図を作成するときに、マーカーの線と塗りつぶしの色を別々に指定したいことがあります。その場合には、colとbgオプションで設定しますが、全てのマーカーで設定できるわけではありません。

plot(c(1:10, 1:10, 1:10), c(rep(1, times=10), rep(2, times=10), rep(3, times=10)), pch=1:30, col=”blue”, bg=”red”, ylim=c(0, 4), xlim=c(0, 11))

1から30までのマーカーを、plotで表示してみました。pch=26〜30は存在しないので、エラーになってしまいます。

線(=blue)と塗りつぶし(=red)の色を別々に設定できるのは、pch=21〜25のみです。普段からpch=21〜25を利用しておくのがオススメです。

芦村龍一先生の論文がアクセプトされました!

島根大学からの国内留学生、芦村龍一先生の論文”Drinking frequency modifies an association between salt intake and blood pressure: a cohort study”が、Journal of Clinical Hyperntension (Impact Factor 2.444)にアクセプトされました。2020年2月14日に開催された第101回大阪腎疾患研究会(OCKD)で発表した研究です。4月に大阪大学にやってきて、この短期間にきれいにまとめてくれました。研究内容については、後日あらためて紹介します。

R: sprintf()で数字の桁数を調整する

ハザード比の桁数を揃えて表示したいときに役に立つのがsprintfコマンドです。

spirntf(“%x.yf”, 数値)

x = 表示する桁数、y = 小数点以下の桁数

sprintf(“%6.2f”, 0.923847)ならば、小数点以下2桁、全体で6桁ですので、下記の通りです。[s]はスペースを表します。

[s][s]0.92

sprintf(“%5.3f”, 0.923847)ならば、

0.923

です。なお、sprintfの戻り値は数値ではなく、文字列ですので、ご注意下さい。

R: discSurv::dataLongの注意点

先日紹介したR: discrete time hazard modelで利用したdataLongコマンドではまりました。timeColumnに指定したカラム名は間違っていないのですが、エラーメッセージがでてきます。

> cohort4 <- dataLong(cohort3, timeColumn="outcome_day_var", censColumn="outcome_var")

Error in dataLong(cohort3), timeColumn = "outcome_day_var", :
*timeColumn* is not available in *dataSet*! Please specify the correct column of observed items.
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