R: カラフルなグラフを作りたい

9グループの累積アウトカム発症率を、カラフルなKaplan-Meier曲線で表現したいのですが、どんな9色を使えばいいのでしょうか?そんな時には、色見本パッケージを活用するといいでしょう。今回はRColorBrewerパッケージを利用します。まずは、色見本一覧を表示してみます。

> install.packages("RColorBrewer", dependencies=TRUE)
> library(RColorBrewer)
> display.brewer.all()
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R: Kaplan-Meier曲線を作成する

今回はRを使って、論文用のきれいなKaplan-Meier曲線を作成するコマンドを紹介します。最終的にはこんなグラフが出来上がります。

quartz("km", height=3.7, width=3.7, pointsize=9, bg="white")
par(mar=c(3, 3.5, 1.5, 0.2))
plot(m1, fun="event", ylim=c(0, YLIM), lty=exlty, col=excol, axes=FALSE)
legend("topleft", rev(exname), lty=rev(exlty), col=rev(excol), bty="n")
XLIM <- 0:floor(max(m1$time) / 365.25)
XLABEL <- ifelse(XLIM%%2==0, XLIM, "")
axis(1, at=XLIM*365.25, labels=XLABEL)
axis(2, las=1)
title(main="  a", line=-1, adj=0, outer=TRUE)
title(xlab="Observational period (year)", line=2)
title(ylab="Cumulative probability of the incidence of outcome", line=2.5)
quartz.save(file="kaplan15.png", type="png")

StataでのKaplan-Meir曲線の作成方法は、「Stata: Kaplan-Meier曲線を作成する」をご覧下さい。

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r: マーカーの形にはpch=21-25をおすすめします

Rで散布図を作成するときに、マーカーの線と塗りつぶしの色を別々に指定したいことがあります。その場合には、colとbgオプションで設定しますが、全てのマーカーで設定できるわけではありません。

plot(c(1:10, 1:10, 1:10), c(rep(1, times=10), rep(2, times=10), rep(3, times=10)), pch=1:30, col=”blue”, bg=”red”, ylim=c(0, 4), xlim=c(0, 11))

1から30までのマーカーを、plotで表示してみました。pch=26〜30は存在しないので、エラーになってしまいます。

線(=blue)と塗りつぶし(=red)の色を別々に設定できるのは、pch=21〜25のみです。普段からpch=21〜25を利用しておくのがオススメです。