9グループの累積アウトカム発症率を、カラフルなKaplan-Meier曲線で表現したいのですが、どんな9色を使えばいいのでしょうか？そんな時には、色見本パッケージを活用するといいでしょう。今回はRColorBrewerパッケージを利用します。まずは、色見本一覧を表示してみます。
> install.packages("RColorBrewer", dependencies=TRUE)
> library(RColorBrewer)
> display.brewer.all()
今回はRを使って、論文用のきれいなKaplan-Meier曲線を作成するコマンドを紹介します。最終的にはこんなグラフが出来上がります。
quartz("km", height=3.7, width=3.7, pointsize=9, bg="white")
par(mar=c(3, 3.5, 1.5, 0.2))
plot(m1, fun="event", ylim=c(0, YLIM), lty=exlty, col=excol, axes=FALSE)
legend("topleft", rev(exname), lty=rev(exlty), col=rev(excol), bty="n")
XLIM <- 0:floor(max(m1$time) / 365.25)
XLABEL <- ifelse(XLIM%%2==0, XLIM, "")
axis(1, at=XLIM*365.25, labels=XLABEL)
axis(2, las=1)
title(main=" a", line=-1, adj=0, outer=TRUE)
title(xlab="Observational period (year)", line=2)
title(ylab="Cumulative probability of the incidence of outcome", line=2.5)
quartz.save(file="kaplan15.png", type="png")
StataでのKaplan-Meir曲線の作成方法は、「Stata: Kaplan-Meier曲線を作成する」をご覧下さい。
(さらに…)
先日紹介したR: discrete time hazard modelで利用したdataLongコマンドではまりました。timeColumnに指定したカラム名は間違っていないのですが、エラーメッセージがでてきます。
> cohort4 <- dataLong(cohort3, timeColumn="outcome_day_var", censColumn="outcome_var") Error in dataLong(cohort3), timeColumn = "outcome_day_var", : *timeColumn* is not available in *dataSet*! Please specify the correct column of observed items.(さらに…)
先日、discrete time hazard model with complementary log-log linkをRで行う方法を紹介しました。本日はStataのcloglogコマンドを使って、discrete time hazard model with complementary log-log linkを行います。
Rでのdiscrete time hazard modelに関しては、先日の投稿R：discrete time hazard modelをご参照下さい。
(さらに…)