9グループの累積アウトカム発症率を、カラフルなKaplan-Meier曲線で表現したいのですが、どんな9色を使えばいいのでしょうか？そんな時には、色見本パッケージを活用するといいでしょう。今回はRColorBrewerパッケージを利用します。まずは、色見本一覧を表示してみます。
> install.packages("RColorBrewer", dependencies=TRUE)
> library(RColorBrewer)
> display.brewer.all()
今回はRを使って、論文用のきれいなKaplan-Meier曲線を作成するコマンドを紹介します。最終的にはこんなグラフが出来上がります。
quartz("km", height=3.7, width=3.7, pointsize=9, bg="white")
par(mar=c(3, 3.5, 1.5, 0.2))
plot(m1, fun="event", ylim=c(0, YLIM), lty=exlty, col=excol, axes=FALSE)
legend("topleft", rev(exname), lty=rev(exlty), col=rev(excol), bty="n")
XLIM <- 0:floor(max(m1$time) / 365.25)
XLABEL <- ifelse(XLIM%%2==0, XLIM, "")
axis(1, at=XLIM*365.25, labels=XLABEL)
axis(2, las=1)
title(main=" a", line=-1, adj=0, outer=TRUE)
title(xlab="Observational period (year)", line=2)
title(ylab="Cumulative probability of the incidence of outcome", line=2.5)
quartz.save(file="kaplan15.png", type="png")
StataでのKaplan-Meir曲線の作成方法は、「Stata: Kaplan-Meier曲線を作成する」をご覧下さい。
続きを読む先日Stataでmixed effects modelを勉強するための教科書としてちょっとだけ触れたJWR Twisk. Applied MIxed Model Analysis: A Practical Guide, 2019, Campbridge University Pressですが、とてもわかりやすく、初学者にオススメです。
Rでオブジェクトの有無を確認する場合は、exists(“object_name”)を使います。存在しなければFALSEです。存在すればTRUEです。
> exists("SEX")
[1] FALSE
Rで散布図を作成するときに、マーカーの線と塗りつぶしの色を別々に指定したいことがあります。その場合には、colとbgオプションで設定しますが、全てのマーカーで設定できるわけではありません。
1から30までのマーカーを、plotで表示してみました。pch=26〜30は存在しないので、エラーになってしまいます。
線（=blue）と塗りつぶし（=red）の色を別々に設定できるのは、pch=21〜25のみです。普段からpch=21〜25を利用しておくのがオススメです。